O Hospital de S. Gonçalo tem como missão a prestação de cuidados de saúde hospitalares, em articulação com serviços e entidades integrados na rede de prestação de cuidados primários e continuados, assumidos como personalizados, atempados e de qualidade, à população, designadamente aos beneficiários do Serviço Nacional de Saúde e aos beneficiários dos subsistemas de saúde, ou de entidades externas que com ele contratualizem e, a todos os cidadãos em geral.